学校有3所直属附属医院。
第一附属医院为三级甲等综合医院,2024年曲靖市人民政府将云南省曲靖中心医院(曲靖市第一人民医院)划归为学校直属附属医院。
附属口腔医院为三级医院,由学校牵头组建。
附属马龙区中医医院为二级甲等中医医院。